A probiotikumok mögött húzódó tudományos elképzelés mára már elfogadottnak számít, ám nemrég kezdődtek csak el olyan klinikai vizsgálatok, amik a probiotikus termékek adott betegségre vonatkozó jótékony hatásait tesztelték. A feljegyzett pozitív hatások közé sorolhatjuk: akut hasmenés megelőzése gyermekeknél, antibiotikummal összefüggésbe hozható hasmenés gyógyítása, olyan gyulladásos bélbetegségek, mint a Crohn vagy az irritabilis bélszindróma (IBD) előnyös irányba való befolyásolása, az immunrendszer erősítése illetve az allergiák számának csökkentése. 2001-ben indult el egy EU támogatott, PROEUHEALTH nevű projekt, mely 16 európai ország kutatási partnereinek összefogásával célozta meg az egészséges bélben fellelhető baktériumok azonosítását, valamint változását az évek múlása, a helytelen étrend és életstílus hatására. A betegségmegelőző-, illetve gyógyító szerep csak specifikus probiotikum törzsekre jellemző, más-más funkciót betöltve szervezetünkben. A PROEUHEALTH kimutatta, hogy bizonyos Lactococcus és Lactobacillus törzsek segíthetnek megelőzni a bélrendszer gyulladásos megbetegedéseit, az IBD-t, a Crohn betegséget; illetve csökkentették a bűnbak Helicobacter pylori mennyiségét, mely gasztritiszt, gyomorfekélyt valamint gyomorrákot is kialakíthat. Továbbá a fertőző hasmenést produkáló Salmonella typhimurium és Escherichia coli mennyiséget is bizonyítottan enyhítették.